Lo spazio interno è suddiviso in tre navate, coperte ai lati da volte a crociera e, al centro, da una volta a botte lunettata che, oltre alle delicate decorazioni in stucco chiaro su fondo azzurro, ospita tre affreschi: "Il battesimo dei catecumeni", "La gloria dei Santi Alfio, Filadelfo e Cirino" e "La Consacrazione del vescovo Neofito, per mano di S. Andrea".
Le tre navate sono illuminate dalla luce naturale che filtra attraverso le tre finestre.
Queste, aperte sulla facciata della struttura, presentano vetrate artistiche raffiguranti i santi Pietro, Andrea e, al centro, S. Alfio.
La navata principale è separata da quelle laterali da una serie di arcate, sei da un lato e sei dall’altro, per un totale di 12 archi, a simboleggiare i 12 apostoli.
La stessa navata si completa con il grande abside dell’altare maggiore e si interseca con il transetto disegnando la croce di Cristo.
Nel punto d’intersezione nasce la cupola, poggiata su pennacchi sferici dove sono riprodotti i quattro evangelisti.
Come nella maggior parte delle chiese barocche, lo spazio interno si prolunga idealmente verso l’esterno, diventando quasi parte dell’urbanistica e costringendo il passante a lanciare uno sguardo dalla piazza verso il punto più importante della chiesa, il tabernacolo.